Если сделан сертификат, но предыдущие партии ввезены без него, я верно понимаю, что на предыдущие партии сертификат не распространяется и мы попадаем под УК РФ?

Если вопрос по упрощенной декларации: вы оформили несколько партий по упрощенным декларациям, а затем оформили один сертификат, например, на серийный выпуск однородной продукции и у вас есть договор УИЛ и т.п., на всю эту продукцию (имеется в виду, что все наименования в сертификате тоже перечислены), то вопросов не будет.

В случае если по упрощенной ДС вы ввезли три партии, а потом оформили один сертификат на общую партию (состоит из этих трех партий), также вопросов не будет.

Если же вы ввезли по упрощенной ДС три партии, а сертификат оформили только на одно наименование продукции (которое было, например, в последней партии), тогда, возможно, вопросы будут.

Если вопрос вообще в целом о документе об оценке соответствия, который оформляется по установленным требованиям, то тогда не совсем понятно, как могли ввезти продукцию без документа.